Klub je osnovan 15. srpnja 1929. godine u Zagrebu, u Ilici 55 pod imenom Športski klub Metalac. Tada je osim nogometne imao još i šahovsku i plivačku sekciju. Jedan od osnivača i prvi predsjednik kluba bio je Ivo Korošec. Nogometna momčad Metalca svoju je prvu utakmicu odigrala 14. rujna 1930. godine na igralištu „Tipografije“ protiv Esperanta (1:2). Klub je svoje domaće utakmice igrao na igralištu „Grafičara“, a prostorije kluba je imao u Haulikovoj ulici 10/IV, gdje je od 1933. godine bilo i sjedište „Udruženja klubova III razreda“. Raspušten je 18. svibnja 1941. godina, a ponovo obnovljen 9. lipnja 1945.godine pod nazivom Fizkulturno društvo Metalac. Klub od 7. kolovoza 1953. nosi naziv Sportsko društvo Metalac. Godine 1964. spaja se s Kustošijom (bivša Sloboda) i dobiva nogometno igralište u Sokolskoj ulici. Dana 18. ožujka 1969. godine mijenja naziv u Radničko sportsko društvo Metalac. Od 1993. ponovno nosi naziv NK Kustošija.
Klub se u svojim prvim godinama postojanja natjecao u III. i II. razredu prvenstva Zagreba, a najveći uspjeh postiže u sezoni 1939./40. kada igra u I.b razredu prvenstva Zagreba (IV. razred natjecanja). Juniorska momčad Metalca je osvojila pehar na turniru Radničke sportske zajednice (1937.) i prvenstvo Zagreba. Klub nakon obnove osvaja 6. mjesto u Hrvatskoj ligi 1946. te postaje drugoligaš. U sezoni 1952./53. trener kluba postaje Bogdan Cuvaj, a klub u sezoni 1954./55. postiže svoj najveći uspjeh u prvenstvu, 3. mjesto u 2. saveznoj ligi. 1948. i 1951. godine dolazi do četvrtzavršnice Kupa maršala Tita. Klub se do sezone 1972./73. natječe u 2. i 3. ligi, a nakon toga u nižerazrednim ligama sve do 2017. godine kada je izboren nastup u 2. HNL. Najuspješniji igrači ponikli u klubu su Bruno Belin, Drago Hmelina, Đuro Pintarić, Branko Knez.
Od 1996. do 2002. godine klub nije imao seniorsku momčad. U tim godinama klub je ustrojio nogometnu školu koja je postala jedna od najboljih u Zagrebu. Od tih dana pa sve do danas mnogi igrači ponikli u školi nogometa NK Kustošija pojačavaju prvoligaške momčadi u mlađim kategorijama. Danas se klub natječe u svim kategorijama od zagića do veterana. U klubu je registrirano preko 300 igrača. Od poznatijih igrača novog doba koji nastupaju u prvoj HNL ligi ili u inozemstvu a svoje učenje i usavršavanje nogometne vještine proveli su u školi nogometa našeg kluba su igrači Mario Šitum (NK Lokomotiva), Mislav Oršić (NK Rijeka), Ivan Graf (NK Istra), Igor Jugović (NK Celje), Marko Alvir (Atletiko Madrid), Dean Čabraja (Lokomotiva), Sven Dedić (NK Zagreb), Tin Karamatić (Slovan Liberec) i još mnogi drugi u drugoj i trećoj ligi HNL-a.
Sve naše momčadi redovito nastupaju na jakim domaćim i inozemnim turnirima. Mnoštvo medalja i pehara koji ukrašavaju našu trofejnu dvoranu dokaz su tome da su sve momčadi vrlo uspješne. Sa ponosom možemo reći da smo jedini amaterski klub koji se može pohvaliti da je uz bok sa prvoligaškim klubovima po uspješnosti i osvojenim trofejima na raznim turnirima. Tako je 2007. godine na turniru u Španjolskoj COPA CATALUNA, kojeg je organiziralo njemačko društvo za međunarodna sportska i kulturna druženja mladih KOMM MIT, momčad NK Kustošija (1994. godište) u konkurenciji nogometnih momčadi iz 14 zemalja osvojila 1. mjesto. Na istom turniru, 2011. godine momčad 1999. godišta osvojila je 4. mjesto, a 2016. godine momčad 2005. godišta bila je najbolja momčad turnira u kategoriji U11, kao i 2017. godine kada su 1. mjesto osvojili Limači I (2006. godište). Juniorska momčad kluba osvojila je amatersko prvenstvo Hrvatske za juniore i tako postala amaterski prvak. Jednu sezonu kadeti i juniori natjecli su se i u 1. HNL za kadete i juniore.
Tradicionalno sveke godine klub organizira veliki međunarodni turnir zagića (U-9). Turnir je upisan u kalendare ZNS-a i HNS-a. Do sada su nastupile momčadi iz Austrije, Slovenije, Bosne i Hercegovine, Češke, Mađarske, Makedonije i Italije. Tradicionalno nastupaju i klubovi iz cijele Hrvatske (GNK Dinamo, HNK Hajduk, HNK Rijeka, NK Osijek, NK Slaven Belupo, NK Bjelovar, NK Istra, NK Petrinja, NK Inter, NK Segesta te gotovo svi klubovi iz Zagreba.) Na samom turniru sudjeluje 40-ak momčadi. Potporu turniru tradicionalno daje grad Zagreb, ZNS i HNS.
Uspješan rad u školi nogometa iznjedrio je i mnoga danas poznata trenerska nogometna imena kao što su Ivan Štefanić kondicijski trener GNK Dinamo, prof. Boris Kubla predavač na Nogometnoj akademiji HNS-a, Dinko Jeličić, donedavno trener reprezentacije mlađih dobnih kategorija. Naravno treba spomenuti i one starije a to su legendarni g. Otto Barić i g. Mirko Bazić nekada igrači našeg kluba i još mnogi “jučer” i danas uspješni sportski djelatnici.
Nogometna škola NK Kustošija jedna je od najboljih u gradu Zagrebu i Republici Hrvatskoj. Po svojoj kvaliteti rada prepoznata je i u inozemstvu. Škola ima status podcentra Zagrebačkog nogometnog saveza. Nogometna škola sastoji se od tri segmenta. Temeljni segment čini Univerzalna nogometna škola koju polaze dječaci i djevojčice koji se prvi puta uključuju u sportski trening. U Univerzalnoj nogometnoj školi stječu se osnovna motorička znanja, osnovni oblici kretanja i osnovni elementi raznih sportova kao uvod u nogometni sport. Drugi segment nogometne škole je Otvorena nogometna škola koju čine dječaci djevojčice koji su uspješno prošli program Univerzalne nogometne škole i koji se usmjeravaju u nogometni sport. Oni čine tzv. prednatjecatelje iako je i za njih organizirano natjecanje u kojem nije svrha rezultat već ovladavanje nogometnom tehnikom. Glavni segment Nogometne škole su natjecatelji koji se selektivnim procesom regrutiraju iz Otvorene nogometne škole i doselekcijom iz drugih nogometnih škola. Natjecatelji su s obzirom na dob podijeljeni u kategorije: mlađi zagići, zagići, mlađi limači, limači, mlađi pioniri I, mlađi pioniri II, stariji pioniri I, stariji pioniri II, kadeti I, kadeti II i juniori. Voditelj Nogometne škole je prof. Denis Ferdelji. Selekcije Nogometne škole sudjeluju u natjecanju ZNS i HNS-a, kao i na međunarodnim turnirima u Hrvatskoj i inozemstvu gdje postižu vrlo dobre rezultate. Nogometna škola je organizator vrlo poznatog međunarodnog turnira zagića pod pokroviteljstvom Hrvatskog nog0metnog saveza. Unazad nekoliko godina Nogometna škola je iznjedrila veći broj kvalitetnih igrača koji danas igraju u klubovima prve i druge HNL, kao i u inozemstvu. Treba svakako izdvojiti Ivana Grafa (NK Istra) Igora Jugovića (NK Celje), Svena Dedića (NK Zagreb), Maria Šituma (FC Spezia), Mislava Oršića (GNK Dinamo), Tina Karamatića (FC Slovan Liberec), Dejana Čabraju (NK Lokomotiva), Marka Alvira ( Atletiko Madrid), Frana Brodića (FC Club Brugge) i još mnogo naših igrača u drugoligaškim i trećeligaškim klubovima.
Nogometni klub Kustošija od sredine kolovoza 2014. godine pokrenuo je program pod nazivom Univerzalna škola nogometa. Univerzalna škola nogometa namijenjena je djeci od četvrte do sedme godine života i starijima koji se prvi puta počinju organizirano baviti sportom. Cilj programa univerzalne nogometne škole je uključivanje što većeg broja djece u sportske aktivnosti, odnosno stvaranje navike svakodnevnoga tjelesnog vježbanja. Djeca pod stručnim nadzorom kineziologa, trenirajući na zanimljiv i za njihovu dob pedagoški i kineziološki primjeren način, uče osnovne oblike kretanja, kao i osnovne elemente brojnih sportova, a u našem slučaju s naglaskom na nogomet. Program univerzalne škole nogometa predstavlja temelj za stvaranje budućih vrhunskih športaša, jer je dokazano da se stjecanjem većeg broja motoričkih znanja u ranijim fazama sportskog razvoja iz raznih sportskih grana omogućuje uspješnija sportska specijalizacija kasnije. U programu mogu raditi samo osobe koje zadovoljavaju kriterije za rad s djecom u okviru izvannastavnih školskih sportskih aktivnosti koji su propisani u Zakonu o športu čl. 60. stavak 3. (Osobe koje imaju odgovarajuću stručnu spremu na razini sveučilišnog studija i ispunjavaju uvjete za učitelja odnosno nastavnika tjelesne i zdravstvene kulture sukladno posebnom propisu). Motorički sadržaji izabrani su u skladu s mogućnostima djece te dobi. Dijagnostika antropometrijskih karakteristika, motoričkih i funkcionalnih sposobnosti djece provodi se dva puta godišnje (inicijalno i finalno provjeravanje). Na osnovi dobivenih rezultata prati se individualni i grupni napredak, utvrđuju se nedostaci, detektiraju se izrazito nadarena djeca i valorizira se cjelokupan program.
Informacije u vezi Programa i upisa u Univerzalnu školu nogometa moguće je dobiti u tajništvu kluba na broj telefona +385 1 3896 670, radnim danom od 17 do 20 sati
